5、阳离子交换量

一般腐熟的有机肥，其阳离子交换量大，保肥肥力，缓冲能力强，对pH、盐份有很好的缓冲作用，对于维持土壤的良好状况有着很重要的作用。

而没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。

6、腐植酸

新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵（大于50℃）尤为明显。

腐植酸与铵、钾、钠结合，具有刺激作物生长的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促产，促萌发，腐植酸更可因为其交换能力而增强土壤缓冲能力。

7、小分子脂肪酸

低级脂肪酸对种子发芽和植物生长有不良影响。小分子脂肪酸易招引苍蝇，这比较容易观察出来。

一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是：小分子脂肪酸会抑制种子萌发，会抑制根系生长。

8、重金属

重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。

由于设备昂贵，大部分企业是没有设备对重金属进行检测的，农资市场到现在才多见执法部门对重金属进行检测。

9、有害微生物

堆肥温度在50℃以上的时间不少于5天，可以杀死病原菌及虫卵，达到无害化。但实际上很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达50℃以上或达到了却时间维持过短，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。